宏启十七年，连生判断形势后，认为曲靖、普安、乌撒、建昌这四个要害之地，势在必守，否则四川到云南的交通必定断绝，于是正式在东川、乌撒、乌蒙、芒部建立卫指挥使司，并在当地彝族群众中贴出告示，要求从今往后要效忠国家，共享升平。
云南战争中，大旸朝廷付出了惨重代价，一批重要的青年将领在战斗中牺牲，如蕲春侯康茂才之子康铎；骁骑右卫指挥佥事李英；龙虎卫指挥胡斌；重庆卫指挥佥事雍桂；龙江卫指挥佥事赵鉴等。汝南侯梅思祖，一个食禄两千五百石的功臣，代理云南布政使司行政工作，卒于任上，同僚潘原明也把一把老骨头扔在了云南。这两人都是蔡诚军中来降的，因熟悉盐业及经济治理被赋予重任。
经历了章泽权贪腐集团的垮台，连生相对信任的只有通政使司的干部，所以急调通政使司张宸等赶赴云南任职。临行，连生特别交代：云南这个地方民族太多，“威则易以怨，宽则易以纵”，卿等要注意“威、德并行”。
对降人、降将，连生也择人录用，比如故元云南右丞观音保被任命为金齿指挥使，赐姓名李观。当时云南的农业、商业非常落后，仍处在奴隶制社会形态，大旸攻克云南，朝廷补贴与当地赋税不成正比，完全是以“输血”方式维系当地的稳定和发展。
宏启十八年，卫良、王长春等人班师回朝，以云南军功，连生封卫良为颖国公，但拒绝了卫良“怀田亩千顷”的要求。郑遇春、金朝兴、王弼、仇成各赐世袭铁券，增禄五百石。王长春与秦伯民、宋国兴分道进攻赤水河，恰逢下雨，王长春制作木筏，趁夜进攻，凌晨时，抵达对方营地并大败敌军，活捉乌撒并阿容。之后攻克曲靖、陆凉、越州、关索岭、椅子寨、大理、金齿、广南、蒙化、邓川、北胜、丽江。前后斩敌两万三千人，生擒三万，获封武定侯。宋国兴战亡，追封为东川侯。连岐梅获封黔国公，世袭云南。
连岐梅留守云南时，连生得知连岐梅因周可馨病逝伤心过度，在任命谕旨上写了一段深情话语：“曩朕于扰攘之时，年已二十有五，尚未生儿女，尔岐梅因兵乱受厄，父母不可复会，是时两岁而逢难，罔知存活，朕怜其孤而且幼，特抚育如儿。夜卧同榻，数番鼾睡于朕怀……今也不忘尔孩童之状，吾无异于尔父，蒙蒙儇顽于左右，俄而思起若是，犹动首育之心。念昔以尔为子，今有微劳，特贵尔为黔国公，尔当思幸逢之初会，休忘释难之恩。”连岐梅接旨后，动容泪流。
宏启十七年，除了皇后周可馨病逝外，太子连成校皇嫡长孙连庆英早夭，连生倍受打击，一面要观察云南的战争情形，调兵遣将，筹备粮草，一面不得不思考帝国江山的未来。毕竟，太子私生子连庆文是罪臣之女所出，将来要让连庆文君临天下，臣民难保不会有意见。
宏启十八年二月，大旸第一功臣宋达病逝。
宋达一生刚毅武勇，持重有谋，纪律严明，屡统大军，转战南北，治军严整，功高不矜。连生亲撰挽联：“破靖平蛮，功贯古今人第一；出将入相，才兼文武世无双。”追封宋达为中山王，谥武宁，画像入太庙供奉，位列功臣榜首位。葬钟山之阴。随后连生又正式册立宋谊蓉为燕王妃。
宋达丧仪后，连大洪请旨道：“臣犬马齿长，不堪复任驱策，愿得归故乡，为容棺之墟，以待骸骨。”连生听得心头酸楚。
连大洪自平定蜀夏、广西叛乱之后，以近七十岁高龄，还曾多次前往山东、福建等地平倭，在沿海地区建立十余处卫所。宋达的去世，对连生又是一次重大打击，现在，没有人比他更关心连大洪的健康状况。连大洪希望告老返乡，连生垂泪准奏，赐连大洪黄金三百两、白银二千两、纸纱三千锭、彩币四十多套，赐给其夫人郭卉妍的物品也是一样，并且下诏褒奖，诸功臣中无人能与他相比。从此以后，连大洪每年一次上京朝见，其他时间都在定阳中都居住，颐养天年。
八月，蒙能、裘士礼、仇成相继离世，皇宫内外再次陷入悲痛！因周皇后、宋达等大丧不断，连成棣与王凤婵的婚事再次搁置，卫良等征南大军的犒赏宴也一拖再拖。
十月底，礼部和光禄寺上奏安排宴请有功将士，连生准奏。于十月十五日，连生邀集大旸功臣及其后代一百多人，举杯畅饮，席间连生感慨不已，与将士们回顾了金戈铁马的开疆岁月，点评众将功过。
连生道：“人生百年有几，如今已知交半零落！云南既平，唯北靖及倭寇边患不断，愿功勋后代，继前人之志，不忘弓马习劳。皇后去世，曾托梦于朕，说道：但以箕裘承祖泽，且将艰巨付儿曹。此话不止是说给朕听的，也是说给诸位公侯的。”
林茂生之子林冒起身道：“皇上所言极是，北靖源于草原游牧之民，驰马南下，踏平中州，可得了天下之后，后代不思进取，享乐腐败，乃至丧国，现在被我王师逼入北疆，想不到，一回到大漠草原，他们也恢复了彪悍之气。皇上剑指西南，五年中北靖无兵克制，又有兵强马壮之势，若不尽早平之，恐成大患。臣愿请旨北征，一年之内，保证退敌百里之外。”
鲍有幸多年求子不得，听了连生“且将艰巨付儿曹”等语，满腔愤懑，起身驳斥道：“黄口小儿岂敢夸口？你父林茂生在时，也不敢小觑靖兵，就凭你也敢请旨为将？”
林冒听得刺耳，可念他是长辈，不便发火，回道：“宋国公误会了，在下请旨非为将军之职，只愿皇上早日派兵震慑北边，至于大将军人选，皇上自有定夺。不过依臣下之见，卫良将军就是最佳人选。”
“你说什么！老夫百战百胜，追随皇上三十多年，就算要北征，也应该由老臣为皇上分忧。”鲍有幸继而泣泪道：“皇上，老臣无子，或有德行之亏，可对皇上一直是忠心耿耿，如今唯愿将这把老骨头，葬于北疆之地，做鬼也为皇上杀敌。”
连生完全同意他说的话，只好默然不语。
王长春道：“宋国公为大将，自然当之无愧，不过江山代有人才出，皇上乐见的是功勋后人不忘弓马，不忘忧患。臣奏请，明年开春围猎，何不举行一次骑射比武，凡金陵官家子女皆可上场比试，表现出色者，随大军北定，战场上搏取功名。”
连生想起当年郑府的武考，造就了一大批人才，听罢击节叫好：“武定侯之议甚佳，卿等以为如何？”
众将士欢呼叫好，尤其是王采臣、何济琛、连鼎等人，更是跃跃欲试。
连生道：“传朕旨意，由太子筹办明春围猎骑射比武，凡十五岁以上皇子、功勋后代、武将之子，均可报名参加。另外，五岁以上皇孙必须列席，感受大旸威武定国之风。”
连成校领旨，众将接着畅饮。