康熙是十二月二十七日接到张伯行的奏折的，张伯行的奏折理直气壮，使康熙很受感动。但就在今天，他也接到了噶礼的奏折，参劾张伯行七大罪状，仅其中私刻书籍、诽谤朝政，一条就足够灭门之罪。康熙本不太信，但李煦等人也曾多次密告张伯行确有刻书之举。想来想去，他决定暂时将张伯行和噶礼都解任，减少干扰，然后严令张鹏翮二人将科场案和督抚互劾案一并加速审清。
圣旨发下十天，仍不见张鹏翮的确实结论。却接连收到江宁织造曹寅和苏州织造李煦的三道密札，报道审案过程中又出了新的波澜。李奇与陈天立对质后，陈天立供认出确实接到了李幕送来的十五锭黄金，但问到交给谁了的时候，他却吞吞吐吐不肯说，就在钦差准备再次拷问之际，陈天立却突然在监中自缢身亡，造成了死无对证的局面。
康熙万没有想到这个案子会如此曲折，他已肯定噶礼必定受了贿赂，就连陈天立的死，恐怕也有杀人灭口的嫌疑。康熙于是发下两道圣谕，一道是催张鹏翮、赫寿火速将勘查结果报上来，一道是密令安徽巡抚暗中查访陈天立的死因。
张鹏翮与赫寿明白噶礼逃脱不了受贿的嫌疑，但是，如果真的将噶礼定罪，他们自己也免不了坐视要犯自杀的罪名。何况张伯行始终咄咄逼人，定要查清噶礼罪行，一旦如实禀报，则证明江南只有张伯行一个清官，相比之下连钦差也成了昏庸无能之辈，就更对自己不利了。
进退维谷之间他们决定采取拖的办法，等时间一长，江南士子的气愤平息下去，再采取个折中的办法，惩处几名小官结案了事。但是从康熙四十年十二月到五十一年一月，皇帝一连两道圣谕，催促结案。
张鹏翮与赫寿再三商议，决定对督抚互劾各打五十大板，再将噶礼从科场案中解脱出来，于是拟就了一道奏折，大意是：“噶礼参劾张伯行指使证人、诬陷大臣及私刻书籍、诽谤朝政都查无实据，张伯行参劾噶礼受贿、出卖举人功名之事也属虚妄。但张伯行生性多疑，无端参劾总督，造成督抚互劾，江南大哗，照律应予革职。”
这道奏折刚刚递上，就传遍了江宁，邬思道江南士子为之激愤。张伯行心如火焚，他决心拼着发配充军，也要替江南百姓说几句话。
康熙几乎同时接到了四道有关科场案的奏折，第一道是张鹏翮、赫寿的结案折，请将张伯行革职。
第二道是安徽巡抚梁世勋，回复调查证人陈天立死因的结果，折中说江南刑狱官员，上自臬司，下至州县提点刑狱，几乎都是噶礼的亲信，消息封闭甚紧，难以确定究系自杀还是灭口。
第三道是苏州织造李煦的密札，报说张鹏翮二人已经动身前往福建，但扬州民心未定，纷纷议论卖举人的情弊不曾全然明白。第四道就是张伯行措词激烈的本章。
康熙决定将张鹏翮的奏折留下，另外再派穆和伦、工部尚书张廷枢为钦差，重新审理此案。新任钦差穆和伦与张廷枢，到扬州后什么也没干，一头就扎进了案卷中。这两个人很清楚，如果认真察理实情，不但要得罪噶礼，还要得罪两位前任钦差。如果草草了结此案，江南民怨不能平息，皇帝也不会答应。
商量来商量去，觉得只有想法补上原卷的破绽，然后公开审讯一批人犯，才能维持住原判，实际上也就是保住了张鹏翮的面子。审案结果，主考官左必蕃纵容舞弊，被革职查办；副主考官****、阅卷官王曰俞、方名受贿被判斩立决；程光奎、吴泌等生员贿买考官，骗取功名，分别拟绞或枷责。总督噶礼与舞弊案无关，但审理不力受到切责，巡抚张伯行诬劾朝廷重臣，以革职处分。
康熙不久又接到了张伯行的最后一道奏折：“科场舞弊只惩从犯，不惩首恶，难抚江南人心。”康熙于是亲自手书了一道文书，下令把此案的全部案卷、奏章调来，由自己御览后定夺。
乾清宫的烛光又整整亮了三个通宵，康熙把所有人犯、佐证的口供详细看过后，很快发现了问题，泾县知县陈天立是在重镣监禁下自缢身亡的，但既无仵作的验尸佐证，又没有狱吏的详细报告，死因显然不明。
李幕是活着的唯一一个重要证人，却又于半年前充军新疆了。其余口供，虽然大体一致，但仔细分析却有若干不能自圆其说之处。而张伯行的几封奏折，却始终如一，理直气壮，言之有据。
康熙亲自在案卷上批示道：“江南科场一案，督、抚互参，钦差寡断。然是非曲直自有公断，令九卿、詹事、科道共同会审，澄清其中不明之处。”在刑部的严加催促下，所有人犯早已递解进京，六部、九卿会阅了全部案卷，把皇上的朱批几乎背下来了，但是他们越看案卷，心里越发愁，如果推翻原议，无异于开罪了三位尚书、两位总督，这个打击面可不小。
如果维持原议，皇上的朱批等于白写，弄不好不是丢官就是掉脑袋。会审开始了。陈天立的死是因为看押他的狱卒喝多了酒，昏睡不醒，使案犯解下腰带自缢。主审当堂判决，将误事狱卒斩立决。证人李幕在押解新疆途中染病身亡，有当地县衙的文书为证。
这样一来噶礼的受贿就没有凭证了，依钦差原议不再追究。科场舞弊人员或斩或绞都依原审判决。至于江南督抚互相参劾，捕风捉影，弄得民心不定，理应革职。
康熙捧着这本“活宝”式的杰作，不觉仰天长啸：“荒唐，荒唐，做贼的和抓贼的一齐问罪，清廉的和贪赃的一齐革职，天理何在，国法何在?”
满朝文武都被传到了乾清门前，皇帝满面怒容：“江南科场案纷纷纭纭审了一年，结果是越审越乱，越审越荒唐。台阁重臣害怕贪官污吏，六部言官庇护钦差大臣，忠良含屈，奸臣狞笑。噶礼多年总督两江，飞扬跋扈，今天参这个，明天告那个，全是无中生有，难道你们就没有耳闻?张伯行在江南清廉忠正，甚得民心，此番为民请命，披肝沥胆，不顾个人安危，四次上本伸张正义，这样的清官为什么要遭惩处?小小科场案三上三下，竟不能理出个头绪，叫天下民心怎服?朕今天宣告最后结论，科场舞弊人员一律依法处决，不得宽怠。噶礼受贿纵容舞弊，着即革职听参，张伯行忠贞秉正，即留任原职，日后再行封赏。”
两天后，康熙的圣谕被八百里加急传到了江宁。百姓喜笑颜开，奔走相告。一场科场案铸就了一则曲折的故事。只是邬思道也因冲撞朝廷，不尊圣人礼度被革除了举人的功名。一身血污的蜷缩在江宁府衙的牢狱之中，暗淡的狱室之中却不时的传来一阵阵叹息之声。