曹化淳首先赶到乾清宫，崇祯责备道：“陈新甲辜负朕意，暗中派马绍偷同东虏议和，事情经过，朕全被蒙在鼓里，但言官如何知道？你的东厂和吴孟明的锦衣卫，职司侦伺臣民，养了许多番子，如此大事，你们竟如聋如瞽，白当了朕的心腹耳目，陈新甲之所为，何等机密，那些言官是怎样知道的？”
“奴婢有罪，恳请皇爷息怒！”
曹化淳扑通一声跪在地上，连连告罪，实则他心里是明白的，从秘密议和开始，主意出自上面这位，如何进行，曲曲折折，他完全清楚，但是他又知道，崇祯是要将责任全推给陈新甲，于是奏道：“对东虏议抚之事，原本很是机密，如今泄露出来，奴婢诚惶诚恐，叫番子们多方侦查……”
崇祯不耐的打断：“侦查结果如何？”
“启禀皇爷，是这样的！”
曹化淳道：“马绍愉将密件的副本连夜呈给陈新甲，陈新甲可能是困倦了，一时疏忽，看过之后，忘在书案上便去睡了，他的一个亲信仆人，以为是发抄的公事，送下去作为邸报传抄，先落到兵部给事中方士亮的手中，虽然陈新甲在次日上朝时记起了这个抄件，知道被仆人误发下去，急快追回，不料已经被方士亮抄了一份留下，以此大做文章。”
崇祯强抑下恨不得剐了陈新甲的心思，问道：“京师臣民如何议论？”
曹化淳驾轻就熟道：“京师臣民闻知此事，舆论大哗，都说皇上是千古英明之主，必是被陈新甲蒙蔽，都指责陈新甲不该背着皇上做此丧权辱国之事。”
崇祯叹了口气：“朕之苦衷，臣民未必尽知！”
曹化淳道：“臣民尽知皇上是尧舜之君，忧国忧民，朝乾夕惕，是陈新甲欺瞒皇上。”
睁着眼说瞎话，崇祯的心里其实很不舒服，于是挥挥手道：“下去吧。”
“是！”
曹化淳施礼告退，在乾清门外，遇到吴孟明，二人统一了口径之后，吴孟明入宫觐见，崇祯问了一阵子，吴孟明的回答和曹化淳差不多。
崇祯又小声问道：“马绍愉住在哪里？”
吴孟明道：“微臣知道，陛下可要密召马绍愉进宫询问？”
崇祯不置可否的问道：“去他家看他的人多不多？”
吴孟明道：“他原是秘密回京，去看他的人不多，自从谣言起来之后，微臣派了锦衣卫在他的住处周围巡逻，又派人装成小贩和市井细民暗中监视，他一家人闭户不敢出来。”
崇祯冷声道：“今夜，街上人静以后，你派人将马绍愉逮捕，家中的钱财什物不许翻动，另嘱咐他的家人，倘有别人问起，只说马绍愉有急事出京，不知何往，如敢胡说句，全家主仆祸将不测。”
吴孟明暗暗叹了口气，马绍愉带着和谈成果回来，立下盖世奇功，可转眼就被扔出去当替死鬼了，他的心还没黑透，很为马绍愉不值，但是他也无可奈何，只是问道：“皇上，可是将马绍愉下入镇抚司狱中？”
崇祯摇摇头道：“将他送往西山远处，找个僻静的孤庙看管起来。叫他隐姓埋名，改为道装，对任何人不许说出他是马绍愉，你们要好生照料，不要亏待了他。”
吴孟明心头拨凉，作为崇祯的身边人，他对崇祯太了解了，别看嘴上说的好听，等到真要杀马绍愉时，会毫不犹豫的下手，而且人不是关在镇抚司里，而是软禁在荒山野庙中，马绍愉死了，都没人知道死在哪里，是怎么死的！”
“臣遵旨！”
吴孟明赶紧叩了个头，告退离去。
崇祯却仍是忧心忡忡，他断定这事已经没法强压下去，只能由陈新甲被锅，于是下了道手谕，责备陈新甲瞒着他派马绍愉出关与东虏款议，要求陈新甲好生回话。
虽然崇祯的原意是由陈新甲引罪自责，等事过境迁，再救他出狱，但耐不住崇祯恶名在外啊。
大明自洪武以来，历朝皇帝都对大臣寡恩，用时倚为股肱，翻脸则抄家灭门，崇祯更是动辄诛戮大臣。
陈新甲误解为崇祯要杀他的头，以推卸责任，没能理会到崇祯的心思，心里冤的很，同时他的性格又较为倔强，在绝望之际，写了一封不大得体的奏疏。
在奏疏中，他无认罪觉悟，为与满洲议和一事辩解。
首先陈述两年来国家内外交困的种种情形，直言是奉旨派马绍愉出关议和，虽然出发点是为了祖宗江山，但恐朝臣大肆张扬，崇祯命他秘密进行，原打算事成之后，再举朝宣布。如今既已经事泄，不妨就此说明原委：今日救国之计，不议和不能对外，也不能安内，舍此别无良策。
崇祯大怒，破口大骂：“该杀！”
其实他也知道陈新甲说的没错，但是奏疏中的奉旨议和四字，是他的大忌，于是又下一道手谕，责备陈新甲违旨议和，还试图让陈新甲领悟，引罪自责。
陈新甲却是更加相信崇祯要杀他，索性横下一条心，又上一封奏疏，不惟不引罪，还具体地指出了崇祯密喻的时间和内容，将崇祯给他的各次密诏披露无遗，他认为这封奏疏将使崇祯无言自解，为自己洗脱罪名。
崇祯也不是吃素的，意识到自己下的手诏，陈新甲在看过后分明没有遵旨烧毁，应该仍藏在陈新甲家中，他一方面下诏，将陈新甲逮捕下狱，交刑部从严议罪。
另一方面，命吴孟明率领锦衣卫将陈家包围，严密搜查，宫中的手谕，一概抄出，马上密封，倘有片纸留传在外，或有人胆敢偷看，从严治罪！
吴孟明害怕查抄不全，被崇祯疑心，惹祸上身，又担心曹化淳嫉妒，于是恳求崇祯命曹化淳一同前去，崇祯也有点不放心，同意了吴孟明的要求。
当夜二更，曹化淳和吴孟明带领人马闯入陈宅，将陈新甲的妻妾、儿子和重要奴仆全数拘捕，逼他们道出收藏重要文书的地方，果然，在一口雕花樟木箱子里找到了全部密诏。
二人严密封好，连夜送往宫中。
崇祯支开二人和宫女太监，一封封捡看，心里悔恨交加，这的确是他的手迹，没想到陈新甲竟然还留了一手，简直是用心险恶！
接下来的一段日子，以首辅周延儒为首的诸多朝臣，上疏救陈新甲，毕竟局势已经烂到了极点，不仅对满洲无任何良策，中原又快速沦限，值此国难之际，中枢易人，已经很为失计，倘再杀掉陈新甲，会使知兵的大臣从此寒心，视兵部为危途。
而且明眼人都能看出，对满洲和议是出自上意，陈新甲只是秉旨办事，随着局势的全面恶化，很多人认清了国家将亡的现实，连国都要没了，还谈何气节，已经不再认为和议是丧权辱国，倘若崇祯对陈新甲从轻发落，虽然仍会有言官上疏争论，却也左右不了大局。
只是崇祯痛恨陈新甲在疏奏中的奉旨行事，虽然奏疏被留中，可以销毁，可是让陈新甲活下去，就形同于默认了陈新甲确是遵照密旨行事，同时陈新甲还有可能道出事件的曲折经过，所以在朝议时，多数要救陈新甲时，崇祯反而决心杀陈新甲，此人留不得。
虽然刑部已经三次将定谳呈给崇祯，都没有定为死罪，按照《大明律》，不管如何加重处罪，陈新甲都没有可死之款，崇祯急了，将首辅周延儒、刑部尚书和左右侍郎、大理寺卿、都察院左右都御史召进乾清宫，地上跪了一片。
崇祯厉声问道：“朕原叫刑部议陈新甲之罪，因见议罪过轻，才叫三法司会审，不料你们仍旧量刑过轻，显然是互为朋比，共谋包庇陈新甲，置祖宗大法于不顾，三法司大臣如此姑息养奸，难道以为朕不能治尔等之罪？”
刑部尚书战栗说：“请陛下息怒，臣等谨按《大明律》，本兵亲自丢失重要城寨者可斩，而陈新甲无此罪，故臣等无法为陈新甲拟罪。”
崇祯大怒道：“胡说！陈新甲他罪姑且不论，他连失洛阳、襄阳，福王生死不明，襄王等亲藩六王被贼人杀害，难道不更甚于失陷城寨么？为何斩不得？”
左都御史辩说：“虽然宗室诸多连遭不测，但非本兵直接过错，还望皇上乞怜……”
崇祯没耐心听下去，将御案一拍，哼道：“不许尔等再为陈新甲乞饶，速下去按两次失陷藩封议罪，下去！”
首辅周延儒跪下道：“请陛下息怒，按律，敌兵不薄城，不至斩本兵……”
崇祯打断道：“连陷七亲藩，不甚于敌兵薄城？先生勿言！”
三法司大臣叩头退出，重新商议，虽然他们知崇祯决心要杀陈新甲，却仍希望有回心转意时侯，于是把陈新甲定为斩监”，呈报崇祯钦批，崇祯提起朱趣÷阁，批了立决二字。
京师臣民闻知此事，舆论哗然，但没有人敢将真正的舆论传进宫中，于次日午日三刻，陈新甲于西市就斩，三日后，陈新甲被斩的消息传到了临清。