国民党的成立大会圆满成功，孙中山被选举成为党首，但是孙中山以不再过问政治为由，命令宋教仁全权负责党的建设和全面的日常工作。
为此，袁世凯也是发来了贺电。
很多人问了，为什么孙中山不放弃党首的位置，而是身为党首而不负责工作。
这个问题，在以后的历史学家中都曾有过争论。但是为了维护孙中山的形象，所以对孙中山不利的因素都没有说出来而已。
而后的国民党改组的的复杂背景，黄原生写道：“国民党之改组也，实系钝初一人主持，而胡英等为之奔走密谋，皆有大力。当为改组之前，记者一日面询胡君以改组之事，胡君答称在南京之时，孙中山汪精卫等皆不愿主持，固执终止，可见此中阻力之大。宋教仁居京即久，政治思想，异于他人，实为国民党政治运动之中心。诸同盟会成员皆依附之，与之联名，附于赞成改组之列。然同盟会成员中有其激烈分子，都不愿看到宋教仁改组成功，甚至改组成功之后，有人复议要开出宋教仁之理事行列，不愿宋教仁过度张狂，但宋教仁也对改组确实有功，并且同志支持者甚多，故仍留任国民党理事，孙中山开宋教仁已经声望正旺，而自己也与袁世凯有约，所以没有办法的办法就是把自己的理事长的头衔，转让给宋教仁代理。”
历史的遗留问题不是我们讨论的，但是事实就是孙中山转让了理事长之后，要南下上海，开展自己的铁路建设运动。
但是历史中很多的事情是没有说法的。
这一段时间应该是袁世凯和国民党的最佳蜜月期。
时间过后不久，袁世凯想要独霸朝纲，逐步变共和为独裁的野心就暴露了出来。
1913年3月20日，他派人在上海暗杀了国民党代理理事长宋教仁（这个说法不知道是否正确，现在有很多人慢慢的认识到，孙中山等这些国民党的内部人员也有很大的嫌疑。）；4月，又非法签订善后大借款，准备发动内战，消灭南方革命力量。
袁世凯的一切行为慢慢的显露，孙中山现在终于看清了袁世凯的真面目，想着革命的胜利果实就这样在自己的一再退让之中慢慢的被蚕食，想着以前和宋教仁等人的争吵，孙中山很是后悔，发现自己在有的时候显得太优柔寡断了，根本就看不清这个社会发展的方向，和要付出的努力代价，而当时宋教仁所说的不能对袁世凯太过放心，而要实行内阁制度，自己还是很抵制的，甚至在一定程度都限制了宋教仁内阁制度的发展和实施。
孟广桥说道：“逸仙兄，如今以来们，你我可又要逃命于江湖了。”
孙中山说道：“不要担心，南方还有我们的很多同志，我们可以发动二次革命，让袁世凯知道我们也不是这么就容易投降的。”
没想到的是孙中山的这些想法还没有开始实行，就被袁世凯给来了一个下马威，国民党在地方上的一些大员，已经匆匆的被袁世凯行政命令下去了实权，而孙中山这个所谓的铁路公司的总理，也被袁世凯称之为非法。
而孙中山在现在纠集国民党召开大会，而大会的主题还没有定下来，就已经是吵吵洋洋的没有一点文明度，而黄兴则主张不用武力，而是和平谈判的动作开和袁世凯谈判，孙中山本想号召全党之力，进行二次革命，没想到自己这个理事长已经指挥不动这个国民党了。
国民党在报纸上声称袁世凯不顾普遍的民意和国会反对，与五国银行团签订丧权辱国的善后大借款，扩充军备为自己消灭南方同盟会力量做准备，是严重的违宪行为。但是与国民党的声称相反，当时很多地方的官员，商会以及团体，都发出了反对动武的电文，有舆论指出这是革命党人与袁世凯是争权夺利而发动的武力行动。
另外，国民党在对袁世凯的指控忽略了两个事实，孙中山在1912年8月公开声明赞成善后大借款。当年8月，孙中山应袁世凯之邀抵京共商国是。在京期间，孙袁两人切磋借债问题，孙中山这样评价善后大借款：“目下财政极端困难，势不能不借外债，以济眉急，唯不可借多，致启政府侈肆之心。”善后大借款被国民党称为丧权辱国，然而，武昌起义之后，孙中山在回国前，就曾经找过美、英、日等列强商洽借款事宜，但列强并不看好孙中山的政治资本而加以婉拒。
发起“二次革命”的江西讨袁军总司令李烈钧7月12日，被免职的李烈钧在孙中山指示下，从上海回到江西，在湖口召集旧部成立讨袁军总司令部，正式宣布江西独立，并发表电告讨袁。7月15日，黄兴抵达南京，组织讨袁，宣布江苏独立。推举江苏都督程德全为南军司令，但程弃职，逃遁上海。随后安徽柏文蔚、上海陈其美、湖南谭延闿、福建许崇智和孙道仁、四川熊克武亦宣布独立。浙江朱瑞、云南蔡锷中立。7月18日，陈炯明响应孙中山号召宣布“广东独立”。
然而这些独立的领袖们也都是阳奉阴违、见风使舵。在江西和南京的讨袁军失败后，湖南都督谭延闿也就宣布取消独立。但是，袁世凯对湖南并不放心，他随后又派出北洋军曹锟等部进入湖南，最后由海军中将汤芗各地的讨袁军相继失败后，袁世凯指“黄兴、陈其美、钮永建、何海鸣、岑春煊”五人为这次战乱的一等犯，其余如“孙中山、张继、李烈钧、柏文蔚、谭人凤、陈炯明”等人也都在通缉之列。在此之前或之后，孙中山、黄兴、李烈钧、柏文蔚、陈其美、居正等人也都先后亡命日本，重新开始了他们的流亡生涯。
孙中山不顾普遍的民意和党内反对派黄兴等人循法律解决的意见，贸然发动所谓“二次革命”，使刚刚具有公开、合法性的政党政治毁于暴力革命的失败。于是，国民党得到一个恶谥：“暴民专制”。当时一些有识之士指出，这是它的“自杀之政策”造成的。