曾国藩说道：“今日听得兄弟高见，我是茅塞顿开，这么说来，我们要静等时机，做一个长远的打算了。”
孟毓源说道：“我是这么认为的，而今大帅也知道，朝廷的几次征缴，都是无功而返，太平军风头正盛，不可与之争锋，尽管洪秀全曾经提出要建立一个没有以强凌弱、尔虞我诈的公平世界，鼓吹凡天下男人皆兄弟、天下女子皆姊妹的平等思想，但他这些从西方基督教教义中捡来的货色，在洪秀全思想中没有深化，也没有消化。洪秀全很难把这些平等思想付诸实践，只能按照封建王朝的等级制度来实行，他们得到的最终就会变成了腐败和享受，导致内部动乱是必不可少。”
曾国藩听到这里，对手下的说道：“来啊，今天高兴，给我上酒上菜，我要和我兄弟好好喝上一杯。”
二人的这一次谈话和喝酒是直到深夜，曾国藩对孟毓源说道：“弟弟带来的那一千多人就继续带领吧，而你也不要归王将军统帅了，我直接把你掉过来给我出谋划策，做我的军师可中？”
孟毓源说道：“能得到大帅的庇护，当然是好，只不过这样以来，王将军是不是会对我心存芥蒂？”
曾国藩说道：“这个好说，我会和王将军谈的，想来王老将军深明大义，不会计较。”
就这样孟毓源就留在了曾国藩的营帐之中，做了一个参谋将军。
一切也都如孟毓源和曾国藩的第一次谈话一样，太平军内部开始发生了变动，洪秀全、杨秀清占据南京以后，便以为可以立国，把享受和特权放在首要地位。洪秀全改两江总督府为天王府，尽其奢华营造天王府。天王府城周围十余里，墙高数丈，内外两重，外曰**，内曰金龙城，殿曰金龙殿，苑曰后林苑，雕琢精巧。东王府也是穷极工巧，骋心悦目。在革命尚未成功之时，太平天国的领袖们就大造王府，广选后妃，洪秀全的后妃竟达88人之多。洪秀全、杨秀清住进王宫，作为农民领袖本是司空见惯的通病。问题是天王府不是当作指挥革命战争的中心，而是行使特权的神圣无比的宫殿。朝天门外大书曰:"大小众臣工，到此止行，有诏方准进，否则雪中云。"而在木牌楼上则书有"天子万年"、"太平一统"。一个"止行"诏，洪秀全就把自己和众位大臣隔开了。当年同生死共患难的杨秀清、韦昌辉、石达开等都不能随意出入天王府。昔日的兄弟今日的丞相们，临朝时，也只好站在朝门外列队，对洪秀全不能仰视，否则就有杀身之祸。洪秀全俨然已成为"一人垂拱于上，万民咸归于下"的封建皇帝。
杨秀清是农民起义领袖有眼光的，不论是指挥战争，还是组织政府，他都有许多建树，为太平天国立下了不朽功勋。但是建都南京后，杨秀清的封建特权恶性膨胀。一到南京，他就建起了高大的王府，三年多的时间，从不出南京城一步，但在城里则为统治一切的全权主宰。所有军国大事仅与东殿尚书侯谦芳、李寿春等一二人计议，严重脱离群众，加之作风极度张扬，每次出门都盛陈仪仗，不知自忌，甚至用代"天父下凡"来惩罚洪秀全，最后更是发展到"逼封万岁"。为了显示特权，杨秀清还设立各种酷刑，如鞭打、枷杖、斩首、五马分尸等，连韦昌辉、秦日纲、黄玉昆等一些高级将领都被他杖责过。杨秀清的骄横，造成他和诸多朝臣的积怨，也导致洪秀全的不满，终于酿成了一场灾难--天京事变:杨秀清及其家属、部下和太平军精兵两万多人被韦昌辉滥杀。天京事变后石达开回到天京，受到天京军民的热烈欢迎，满朝同举石达开提理政务。可洪秀全却对石达开大生疑忌，重用自己的兄弟安福二王，以牵制"翼王"，并有"阴图戕害之意"。在这种情况下，石达开率20万精兵远离天京。经过天京事变、石达开出走，太平天国处于十分困难的境地。虽经陈玉成、李秀成等后期太平天国名将的努力，军事上稍有起色，但终究缺乏回天之力，最后一步一步走向失败。
而这个时候的朝廷，是以全国之力对付太平军，加上清政府与外国的侵略者相互勾结，利用先进的武器对付太平军，这个时候的太平军也只能东征北伐，用进攻来代替防守，想着用胜利的战役来维护太平天国摇摇欲坠的政权。
此时的曾国藩加兵部尚书衔，授两江总督，以钦差大臣督办江南军务。从此，不但拥有兵权，而且掌握地方大权。督其弟曾国荃攻陷安庆。加太子少保衔，奉命统辖江苏、安徽、江西、浙江四省军务。旋向朝廷举荐左宗棠督办浙江军务、李鸿章出任江苏巡抚。后以安庆为大本营，命曾国荃部沿江东下，直逼天京；命左宗棠部自江西进攻浙江；命李鸿章部自上海进攻苏南，对太平天国实行战略包围。
这个时候太平天国已经是名副其实，名存实亡，就等着曾国藩一声令下攻陷天京，活捉太平军的领袖洪秀全。
而这个时候的洪秀全也是寿终正寝，传位给自己的儿子洪天富贵。这在一定程度上又削弱了太平军的实力，使得他们找不到方向，没有了主心骨。
1864年7月19日，湘军轰塌天京太平门附近城墙10余丈，蜂拥入城，其他方向的湘军也缘梯而入，城内太平军或战死，或被杀，无一降者。
湘军冲进了天王城少啥抢掠，最后一把火把天王城给烧的干干净净，太平天国运动到此结束。
曾国藩势力也达到了顶峰，纷纷向朝廷举荐功臣，朝廷鉴于曾国藩的势力之大，也是一一俯允，当然被举荐者当中，就有孟毓源。
而此时的孟毓源也感觉到战事既然结束，就向曾国藩辞行，想回老家山东。