吃完午餐后，将化石翼龙传送大木博士研究所，化石翼龙死活不肯，说要保护公主殿下。
最后在波克比一顿教训，化石翼龙才不情不愿的过去了。临走前恶狠狠的威胁小智一定要保护好公主殿下。
小智
性别：雄
神奇宝贝训练家
特性：迷路——发动！！
在迷了几天，众人来到了一片茂密森林，众女已经见怪不怪了，反正不管怎么迷路都会走到正路的。
正值午阳，小智找了一块空旷的地方，开始就地休息。
小霞和希罗娜准备午餐，圣代被逼的在一旁学习厨艺。
小雪在准备神奇宝贝食物。现在小雪的食物虽然不跟能小智相比，但已经被所有的神奇宝贝接受了，只有当有神奇宝贝表现出色的地方，就由小智做神奇宝贝食物作为奖励。
小智和娜姿则放出神奇宝贝来训练，当然小霞和圣代正忙，所以两人神奇宝贝也由小智来训练。
皮卡丘的绝招速度和本身速度都已经达到目前的极限，威力也非常强力，等级已经达到精英巅峰的巅峰了，就等突破了！
喷火龙因为进化等级虽然才精英高级，但是火系，龙系，飞行系绝招被教了遍，加上本身‘拼命三郎’的性格，都已经非常熟练，就连皮卡丘都不能说满打满赢。
路卡利欧，精英高级，但是隐隐要有突破的感觉。波导弹现在已经能够熟练掌握了，因为波导的关系跟小智的默契仅次于皮卡丘，和美纳斯同等。
比雕等级也是精英高级，不是喷火龙新晋的，也不像路卡利欧到达顶峰，显得中规中矩的，但速度可以说能将准天王的神奇宝贝甩下了。大绝招神鸟猛击掌握的差不多，正在练习勇鸟猛攻，毕竟神鸟猛击的威力虽然大，但是升空，落下加上空气阻力摩擦时间，绝招速度太慢。（在游戏里需要蓄力）所以勇鸟猛攻虽然会反噬伤害，但胜在速度快，所以还是要学习的。
妙蛙种子等级也是精英高级。各种绝招都非常熟练，阳光烈焰只需要0.5秒就能够发射。
3D龙达到了精英初级，各种绝招也在图鉴里学的该会的都会了。
波克比到现在还是个宝宝，训练也是三天打鱼，两天晒网。小智也是无奈，只能等她长大一些再说了。
此时喷火龙和比雕、路卡利欧和妙蛙种子两组分别对战，3D龙正在练习绝招熟悉，波克比也是兴趣来了练习着绝招。
“小智，你看。”娜姿突然出声向着小智说道。
小智顺着娜姿所指的方向，看见妙蛙种子的背上闪烁着绿光。
“这是……！”小智吃惊的望着妙蛙种子，妙蛙种子也好像发现自己的异常，感觉有些激动，路卡利欧也停下了对练。
“进化的光泽！”小智惊喜的说道。
妙蛙种子因为知道了神奇宝贝越往后进化，基础越好，实力越强，于是妙蛙种子迟迟不进化。可是就是因为太往后进化，导致身体本身产生了抗性，现在想进化都进化不了，实力也没有突破，刚收服的就是精英高级，到现在依旧徘徊这个等级。
当然不是进化就厉害，不进化也能晋级，就像皮卡丘一样。只是妙蛙种子本身想进化，将很多能量都用来促使自身的进化基因，所以提升才非常缓慢。
妙蛙种子也知道了这个状况，非常激动。因为喷火龙，比雕等神奇宝贝后来居上，都快要超过自己，让妙蛙种子异常受打击。
现在终于可以进化了！
绿色光芒持续了一段时间，却慢慢消退，而妙蛙种子却没有丝毫变化。
“种子……”妙蛙种子激动的表情一僵，随后低垂着头，沮丧不已。
“放心吧，你一定能够变得更强的。”小智走过来蹲在妙蛙种子旁边，抚摸着背上的种子道。
“种子……”妙蛙种子抬头望了望小智又低下了头。
“妙蛙种子，请相信我，我一定可以让你变得更强的！”小智握着拳，一脸坚决的说道。
“种……种子。”妙蛙种子见到看着毫不动摇的目光，虽然感觉希望很渺茫，但是还是想要相信他。渐渐地笑了叫了几声，看着小智，重重点头:“种子！”
“是啊，你一定可以变强的，我们吃饭吧。”小智又摸了摸妙蛙种子的头。
“种子种子。”
吃完午餐后，几人在森林迷了几圈，出来之后，已经是傍晚了，不过幸好看见了一座神奇宝贝中心。
“欢迎光临。”一进来就是面对着乔伊小姐的标志性的微笑。
“请治疗我的神奇宝贝。”小智拿出宝贝球和皮卡皮一起交给乔伊小姐。
“我也是。”
“我也是。”
众女也拿出宝贝球。
“请放心交给我吧。”乔伊小姐笑道，然后和一旁的小助手吉利蛋一起将宝贝球放到小推车，推着小推车进去治疗机间治疗。
乔伊家族研发的神奇宝贝治疗机不但可以治疗神奇宝贝的大部分伤势，还可以让神奇宝贝得到充分的休息。
半个小时后，小智和众女吃完晚餐，来到柜台取回宝贝球给神奇宝贝喂食。
这时妙蛙种子突然跑了出来，背上的种子又开始泛着绿光，而且比白天更加强烈。
“原来你也有妙蛙种子啊，还真是巧哎。”乔伊小姐见此笑道。
“请问乔伊小姐知道这是怎么回事嘛？”小智问道。
“这座叫做妙蛙森林，是一只妙蛙花所统治的。每年这个时候妙蛙花都会在一个叫不可思议花园的地方举行某种仪式，森林也会聚积大量的妙蛙种子，当仪式结束的时候，妙蛙种子就会进化成妙蛙草。”乔伊小姐热情的解释道。
“在那进化的妙蛙草也更加有活力。”
刚说完神奇宝贝中心外面一阵吵闹，小智和众女出去一看，居然是平时除了在训练家手里，野外难得一见的妙蛙种子。而且不断从草丛涌出，然后向着一个方向移动。
几只妙蛙种子看见小智的妙蛙种子，伸出许多藤鞭将妙蛙种子拖了起来，然后带走！
“妙蛙种子，用飞叶......”
“等等！”小智话还没说完，就被跟在后头的乔伊小姐阻止了。
“他们只是带妙蛙种子参加不可思议花园而已，没有伤害妙蛙种子的意思。”乔伊解释道。
妙蛙种子也向着小智叫了几声，示意自己没事。
眼见妙蛙种子被带走，“跟过去看看。”小智说话间就急忙跟上去，众女也紧随其后。
“种子种子！”野生妙蛙种子们见小智跟过来，使出各式各样的绝招阻止众人前进，还叫了一声以示警告。
小智立马站住，因为再前进就要被妙蛙种子的绝招打中了。
“小智怎么办？”小霞问向小智。
“偷偷跟过去。”眼见自己的妙蛙种子消失在树丛中，小智还是担心，虽然说不会伤害妙蛙种子，但还是想亲眼看着。而且妙蛙种子没有进化成功的话，一定很沮丧，自己作为训练家一定要陪在他的身边。
再过了十几分钟，妙蛙种子的影子渐渐稀疏，就知道已经是最后几只了，小智急忙跟过去。
跟在最后面的妙蛙种子，又过十几分钟，来到了一片空旷的草坪。
附近全是妙蛙种子，包括小智的妙蛙种子也在这。小智的妙蛙种子很好认，因为迟迟进化不了，在妙蛙种子中个子很大。
一只巨型的妙蛙花站在一个巨大树桩上面，被所有的妙蛙种子包围。
妙蛙花非常巨大，应该活了几百年才能长这么大，巨大树桩也是活了几百年才能长得站的下妙蛙花吧，可惜没了……也可能是妙蛙花为了举办仪式而特意弄倒的吧。