10月，刘庄行幸鲁地，祭祀大哥东海王刘彊，与沛王刘辅、楚王刘英、济南王刘康、东平王刘苍、淮阳王刘延、琅琊王刘京、东海王刘政相会。12月回程途中经过颍川郡YC县派使者祭祠中岳嵩山。29日，返回洛阳。东平王刘苍、琅琊王刘京随驾返回，朝见皇太后。
本年，南匈奴盆僮尸逐侯鞮单于去世。其堂弟、丘浮尤鞮单于之子继任丘除车林鞮单于。但数月后就又去世。盆僮尸逐侯鞮单于之弟继任湖邪尸逐侯鞮单于。
永平7年（64）1月20日，皇太后阴丽华驾崩。
8月18日，北海王刘兴去世。
本年，北匈奴遣使求合亲。汉明帝刘庄许婚。
刘庄听说先后任九江太守、东海相宋均很有贤名，本年便将他召进朝中，任尚书令。宋均曾对同僚有言“现在国家喜欢用文法、廉吏，以为足可止奸。但文吏好欺谩，廉吏只知洁身，实皆与百姓无益。我欲为此事向皇帝叩头谏争呢”不过也没等宋均叩头谏争，他就又被皇帝调任司隶校尉了。
永平8年（65）1月2日，司徒范迁去世。3月，太尉虞延改任司徒、由卫尉赵熹行太尉事。
3月，越骑司马郑众奉命出使北匈奴，见单于后长揖不拜。北单于大怒，下令将郑众囚禁起来，不给饮食。郑众宁可拔刀自刎，也不向北单于屈膝。搞得北单于也害怕了，于是派人送郑众回国。
当初，耿国曾上奏“应在五原郡设置度辽将军，以防南匈奴逃亡”朝廷没有采纳。这次，南匈奴须卜骨都侯得知东汉王朝与北匈奴和亲后，果然便担心自己遭南北夹击，便准备回归北匈奴。秘密遣使与北匈奴联络，请他们发兵相迎。谁知使者被郑众所获。郑众马上向朝廷上奏“当设置大将，以防南北二匈奴交通”刘庄这才决定：在五原郡曼柏县设置度辽营，以中郎将吴棠行度辽将军事。
10月，北宫成。4日，汉明帝刘庄亲临辟雍。养三老、五更。礼毕之后，刘庄下诏天下各郡国：征发死刑罪犯，减罪一等，都往度辽营听命。并赐给弓弩、衣服、粮食。有罪亡命者，可以交钱赎罪。
30日，日食。刘庄下诏求直言。
北匈奴虽遣使入贡和亲，但仍寇钞不息。本年又侵略西河诸郡，大汉边城不得不在白天都关门避寇。刘庄决定派郑众本年中第二次出使北匈奴。郑众不愿再行，上疏陈请。但刘庄不准，命郑众即日北上。郑众再次上书“臣前次出使，不为匈奴下拜，北单于恚恨之下，遣兵围臣。如今再往，必见陵折，臣诚不忍大汉之节有损，还请陛下收回成命”可刘庄依然不听。郑众不得已之下出发，在路上仍不断上书请求。终于引得刘庄大怒，下令将郑众召还，并直接下狱！后来北匈奴有使者到来，说起郑众不亚于当年的苏武，刘庄这才下令将郑众从狱中放出，任为军司马。
本年是中国宗教史上值得大书特书的一年！汉明帝刘庄当年曾夜梦金人，博士傅毅告诉皇帝“西域有神，其名曰佛。陛下您梦见的金人就是佛祖释迦牟尼”于是本年，刘庄便派蔡愔前往天竺国求取佛经，两年后，蔡愔就将用一匹白马驮着四十二章佛经归来！同来的还有摄摩腾、竺法兰两位天竺高僧。那时，刘庄会下令在洛阳建立了中国历史上第一座寺庙：白马寺。在当时所有的公卿贵人中，刘庄的同父异母哥哥、楚王刘英可说是中国信佛的第一人。
正好本年度辽营设置，刘庄下诏天下罪犯都可交钱赎罪。楚王刘英也给朝廷献上黄缣、白纨，表示自己念佛之罪。刘庄也弄不明白，便将黄缣、白纨全部送还，说念佛哪有什么罪啊？三哥你尽管念好了…
但楚王刘英当然不单单只是念几声佛号而已，他心中还有着与佛家教义完全背道而驰的野心！最后刘英会将自己弄得削藩夺爵、亡国杀身，并牵连多人…
永平9年（66）3月1日，刘庄给天下各郡国下诏：死刑犯各减罪一等，与妻子一同发往五原、朔方郡戍边。4月，刘庄下诏：命各郡国以公田赐贫民。又让司隶校尉及各州刺史每年向朝廷推荐墨绶长吏视事三岁已上、治状尤异者各一人。
本年，刘庄封三子刘恭为灵寿王、四子刘党为重熹王，但只赐封号，未封食邑。
本年，刘庄下令为樊、郭、阴、马四家外戚子弟(号“四姓小侯“)在南宫设立学校，置《五经》师，传授其业。期门、羽林卫士也要都通晓《孝经》。甚至匈奴也遣子入学。
已经过了八年，广陵王刘荆认为：汉明帝刘庄派来监视他的人，应该早就麻木不仁了。所以机会应该来了？
这一天，刘荆请来一看相大师。大师坐定，刘荆先开口说话“我老爹刘秀三十岁当了皇帝。我长相跟老爹相似，今年也恰好三十岁，是不是可以到了起兵的时候了”
刘荆这话，当即吓得大师说不出话来。大师不过就是想来挣几个钱花花的，刘荆竟想造反？开什么玩笑！看相说话，那可以胡扯；但造反这事，立场绝不能糊涂！于是大师赶紧两腿抹油，跑去地方政府告状！
消息很快传回洛阳。刘庄晕哪，刘荆藏得好深哪，他竟还嫌折腾得不够！
不过经这一次，刘庄总算是明白了：刘荆为什么这么多年都对自己这个皇兄耿耿于怀？原因就在他说的那句话——面相与先帝刘秀相似！
但刘庄还是决定饶刘荆一死，只是剥夺了他亲王的全部权力，只享有封国的食租。同时限制刘荆的自由，以后刘荆走到哪里，都有专人跟着。在规定活动范围内做规定的事，这叫啥？双规！
事实上，刘荆之所以能逃过此劫，他本人也是有功的。因他听到看相的告状后，腿脚特快，自己跑到监狱去报到，投案自首。
到此为止，刘荆也算是个惯犯了。于是不久，刘荆犯罪的瘾又发作了。他请了一堆法师到家里做法事。内容只有一个：诅咒汉明帝刘庄早死！
亏他想得出来…这已是第四次了。刘庄能忍，朝廷各官员早就忍不住了。以刘秀的表弟、长水校尉樊鯈为首，他们上奏刘庄：请求诛杀刘荆！
刘庄迟疑不决。他都忍三次了，难道就不能再忍一次吗？于是他说“刘荆是朕的弟弟，你们猜想要杀了他。如果是朕的亲生儿子，你们胆敢说这个话吗”樊鯈答道“天下乃高皇帝的天下，非陛下之天下。刘荆是陛下的同母之弟，陛下圣心恻隐，故臣等才请耳。如是陛下的儿子，臣等将立刻先斩后奏”
永平10年（67）2月，有人告诉刘庄“陛下无须再忍，也不必亲自动手了。因刘荆已自杀了”广陵国除。
闰10月3日，刘庄行幸南阳郡，祭祠章陵，又祠旧宅。礼毕之后，刘庄召校官弟子作雅乐，奏《鹿鸣》，刘庄自御埙篪和之，以娱嘉宾。之后，刘庄又行幸汝南郡南顿县。在汝南郡治PY县召见淮阳王刘延、在梁郡郡治睢阳县召见沛王刘辅。12月4日，返回洛阳。
陵阳侯丁綝去世，其子丁鸿照理应袭封侯爵。他上书称病，愿将爵位让给弟弟丁盛。汉明帝刘庄不许。丁綝下葬后，丁鸿索性挂衰绖于冢庐，浪迹天涯而去。在东海郡遇到友人鲍骏，鲍骏问他“你以兄弟私恩而绝父亲不灭之基，可乎”丁鸿感悟垂涕，这才回来继承侯爵。本年，鲍骏上书推荐丁鸿，刘庄封丁鸿为侍中。
永平11年（68）1月，沛王刘辅、楚王刘英、济南王刘康、东平王刘苍、淮阳王刘延、中山王刘焉、琅琊王刘京、东海王刘政来朝。月余，刘苍辞行回国。刘庄亲自相送。分别之后，仍怀念不已。于是又亲书手诏，遣使赐东平国傅“今送列侯印19枚，诸王子只要年满五岁，能趋拜者，可皆令带之”
7月，司隶校尉郭霸下狱死。
本年，巢湖出黄金，庐江太守上献朝廷。当时，麒麟、白雉、醴泉、嘉禾等祥瑞纷纷涌现。
永平12年（69）1月，益州徼外夷哀牢王柳貌率五万余户内附.刘庄下诏废除益州西部都尉，改设永昌郡，辖哀牢、博南二县。与西汉相比，东汉的疆域在各个方向上都有不如，只有在西南方向上有所扩展，便是这永昌郡的设置。始通博南山，度兰仓水，行者苦之，歌曰“汉德广，开不宾。度兰仓，为它人”
西汉平帝时，河、汴决坏。到王莽始建国3年(11)更是发生了一次黄河大改道！此后水灾频仍，久而不修。建武10年(34)光武帝刘秀曾想过治河，但陈留郡浚仪县令乐俊上书反对“国家刚刚安定，实在没钱来搞这巨大工程”到现在，汉明帝刘庄终于下定决心治河！4月，他征发数十万人，命王景、王吴两个治水专家，专门治理汴渠“从荥阳东至千乘，海口千余里，每十里立一水门，令更相洄注，无复溃漏之患”二王虽竭力的简省役费，但此次大工程耗费仍以百亿计。5月4日，刘庄又下诏：赐天下男子每人两级爵位；三老、孝悌、力田者每人三级爵位；流民复入籍者每人一级爵位。鳏寡孤独等社会弱势群体每人粟3斛。
7月24日，司空伏恭免官。大司农牟融升任司空。10月，司隶校尉王康下狱死。
本年，天下安平，人无徭役，岁比登稔，百姓殷富，粟每斛30钱，牛羊被野。
永平13年（70）2月，汉明帝刘庄行籍田礼。礼毕，赐观者饮食。
3月，HN尹薛昭下狱死。
4月，汴渠修成。从此黄河、汴水分流，黄河向东北入海、汴水向东南入泗，各复其旧道。此后直至晚唐800余年之间，黄河安澜。二王此功，功在社稷！下一次的黄河大改道要等到978年后的宋仁宗庆历8年(1048)…汉明帝刘庄也得意洋洋：4日，他行幸荥阳。8日，下诏表扬自己，巡行河渠，渡黄河，登太行山，行幸上党郡。25日，返回洛阳。
闰7月29日，日食。朝廷三公免冠自劾。汉明帝刘庄下诏：罪在朕躬。
11月，一个叫燕广的人告发楚王刘英与王平、颜忠等人私造图书，有谋逆之事。汉明帝刘庄命有司彻查。有司上奏“楚王刘英招揽方士，私作金龟，玉鹤，捏造图谶。大逆不道，应处死刑”刘庄最后决定废除刘英的王爵，徙往丹杨郡Z县封给汤沐邑五百户。其子女封号废除，食邑如故。刘英的生母许太后仍为楚太后，留住楚宫。